Akademiku dhe intelektuali i mirënjohur Ylli Popa, u nda nga jeta ditën e djeshme, pas një gjendjeje të përkeqësuar kronike të shëndetit. Popa la pas një veprimtari të shumanshme, të shtrirë në më shumë se gjashtë dekada.
Shërbimi si mjek në rrjetin spitalor të vendit dhe mësimdhënia e kërkimi universitar janë dy shtylla paralele mbi të cilat u zhvillua veprimtaria shkencore dhe intelektuale e akademikut Ylli Popa. Duke qenë shef i pavijonit të kardiologjisë në shërbimin spitalor, në të njëjtën kohë drejtonte edhe katedrën universitare të propedeutikës, në krye të së cilës qëndroi deri në vitin 1983. Nën drejtimin e tij u themelua e para katedër dhe i pari shërbim shqiptar i kardiokirurgjisë, të cilat i kryesoi deri në vitin 1993.
Në veprimtarinë e tij të gjatë si mjek e si mësimdhënës, Ylli Popa e njohu jetën e popullit shqiptar nga majat dhe nga fundi, nga klinikat e udhëheqjes politike dhe nga fati i njeriut pa krahë, që tek mjeku shihte shpëtimtarin e jetës. Kjo njohje zgjeroi tek ai shqetësimin qytetar dhe fuqinë e mendimit intelektual.
Ai është autor i të parit artikull kontestues mbi vlerat e sistemit politik kushtetues që trashëgoi Shqipëria që nga viti 1944. Shkrimi i tij, me një titull të huazuar nga vepra e njohur e M. Proust-it “Në kërkim të kohës së humbur”, botuar më 30 prill dhe 1 maj të vitit 1990 pikërisht në zëdhënësen e përditshme të partisë në fuqi, shkaktoi një tronditje të fuqishme ideologjike dhe u bë shenjë për botën e jashtme se në Shqipëri po shfaqej publikisht edhe mendimi ndryshe.
Shkrim i Profesor Popës që u botua në dy numra të “Zërit të Popullit”, ishte shenja e parë e lirisë së shtypit. Kurrë më parë nuk ishte shkruar dhe as ishte lexuar ndonjë shkrim i këtij niveli dhe sensibiliteti ku njerëzorja dhe intelektualja të shfaqeshin në shumplanësinë e tyre. Shkrim i “Zërit të Popullit” i lexuar, i rilexuar, i nënvizuar dhe i komentuar në një kamp internimi, prej atyre që kishin një jetë në pritje të pak drite lirie, krijoi mjaft entuziazëm dhe shpresë, se Komunizmi kishte kapitulluar prej vetes!
Profesor Popa, përjashto porositë, në këtë shkrim kishte kapërcyer ndjeshëm kohën në të cilën po jetonim.
Shkrimi ishte si të thuash… pak ujë trëndafili mbi ato duar të përgjakura gjer në bërryla…
Ajo çka desha të nënvizoj është fakti se shkrimi edhe sot është i lexueshëm, edhe sot ruan ngjyrat se ishte në kapërcyell të kohërave… dhe ku çdo “tejkalim” s’mund të ishte veçse i aprovuar nga sistemi piramidal i censurës shqiptare.
“Pasi bëri disa hapa, u kthye e më tha diçka që më mbeti në mendje: “Doktor te secili nga ne ka nga një mur që duhet shembur dhe një urë që duhet ndërtuar!”
Pas largimit të studentit, unë vazhdova fillin tim të mendimit për dy plenumet e fundit të Partisë. Nuk ka ndodhur ndonjëherë që të jetë diskutuar në mënyre kaq masive e me kaq interes sa pas këtyre dy plenumeve binjake. Nga ana tjetër, duke u futur sa me thellë në kuptimin e kërkesat e tyre, të bëhet gjithmonë e më i qartë fakti se suksesi i tyre është i siguruar vetëm po qe se të gjithë njerëzit do të thonë krejt lirshëm dhe pa ndrojtje atë që mendojnë.
Zhvillimi i mëtejshëm i demokracisë është një nga kërkesat e tyre themelore. Në të vërtetë, këto ide kanë ekzistuar prej kohësh në zemrat e mendjet e shumë njerëzve. Por jo rrallë, për shkak të epiteteve, etiketave dhe presionit të izmave, mendimi – fjala dhe veprimi shkëputen nga njeri tjetri. (Mendimi oqean – fjala përrua),
Mendim i mirë, është vetëm ai që i shërben zhvillimit të kombit dhe mirëqenies së popullit. Ky lloj mendimi (ekonomik, teknik, shkencor, artistik, letrar, filozofik etj.) do kultivuar me shumë kujdes. Ne kot i kërkojmë naftën dhe pasuritë minerale në thellësitë e tokës. Të sondojmë më tepër në thellësitë e mendimit dhe aty do të gjejmë thesare të pazbuluara ndonjëherë. Të studiojmë më me kujdes përvojën e atyre vendeve që edhe pse janë të varfra në lëndë të para, sot gjenden në pararojë të ekonomisë botërore. Ndoshta ata e kanë kuptuar me kohë se “lënda e parë” më e rëndësishme e një kombi është truri, dhe pasuria më e madhe e tij është mendimi i emancipuar dhe përparimtar i popullit të tij…”
Ylli Popa ishte kryetar i Akademisë së Shkencave të Shqipërisë për një periudhë 10-vjeçare, në një kohë të vështirë (1997-2007), dhe njihet si një nga drejtuesit më jetëgjatë të këtij institucioni, më jetëgjati pas viteve 1990. Në krye të këtij institucioni, ai vendosi gjithë autoritetin e tij, gjithë mundësitë e ndikimit, fuqinë e mendjes dhe të shpirtit, për t’i rikthyer atij autoritetin si institucioni më i lartë i kërkimit shkencor në vend, me përgjegjësinë e një kryeqendre të studimeve albanologjike brenda dhe jashtë vendit, që hartoi të parën platformë të zgjidhjes së çështjes kombëtare shqiptare, e cila u bë pikë reference jo vetëm në jetën shkencore, por dhe në veprimin diplomatik ndërkombëtar.
Ai njihet në gjithë botën akademike-universitare sa për urtësinë e tij, aq dhe për mendimin reformator dhe për advokimin ndaj albanologjisë, si shkencë e identitetit.
Akademiku Ylli Popa ishte një dijetar që njihej dhe vlerësohej edhe në shkallë rajonale e ndërkombëtare. Shumë artikuj shkencorë të tij u botuan në revista shkencore të indeksuara jashtë vendit.
Për gjashtë vjet (1987-1993) ishte kryetar për Shqipërinë i Lidhjes Ballkanike të Mjekëve (Union Medicale Balcanique).
Veprimtaria qytetare e Ylli Popës njeh një tjetër pikë reference, duke qenë anëtar themelues i Komitetit Shqiptar të Helsinkit, e para organizatë opozicionale dhe kritike ndaj sistemit politik që ishte trashëguar, që e formalizoi veprimtarinë e tij para krijimit të së pares opozitë politike në Shqipëri. Në kuadër të kësaj organizate ai ka luajtur një rol parësor në mbrojtje të të drejtave të njeriut në një prej periudhave më të vështira.
Ylli Popa ka qenë deputet i Kuvendit Popullor të Shqipërisë për dy legjislatura. Për veprimtarinë e tij shumë të dobishme në shërbim të shkencës dhe popullit ai ka mbajtur titullin e lartë Hero i Punës Socialiste dhe është dekoruar me urdhrin Flamuri i Kuq i Punës.
Akademik Ylli Popa do të mbetet në kujtesën e shqiptarëve si kardiolog e si profesor, si akademik e si njeri, si qytetar e dijetar, si veprimtar shoqëror e si një model i rrallë i urdhrit të mjekut.
Akademia e Shkencave i shpreh ngushëllimet më të thella familjes së akademik Popës, botës akademike shqiptare e më gjerë, si dhe miqve e kolegëve të Tij.
