Për më shumë se gjysmë shekulli Balli Kombëtar, është akuzuar si bashkëpunëtor me pushtuesit. Por fakt është se jo vetëm ballistët, por edhe komunistët kanë arritur marrëveshje me gjermanët për një armëpushim të fshehtë.
Raportime të misionarëve britanikë në Shqipëri, flasin për bisedime mes Enver Hoxhës dhe ushtarakëve të lartë gjermanë. Këta të fundit i kërkuan partizanëve të mos sulmonin dhe pengonin trupat e tyre të kalonin nëpër Shqipëri me destinacion Greqinë. Dhe në këmbim, ata do t’i dorëzonin Lëvizjes Nacionalçlirimtare “gjithë pushtetin politik e ushtarak”.
Disa studiues pranë së majtës, pranojnë ekzistencën e bisedimeve, por thonë se ky propozim u hodh poshtë nga komunistët. Ndërkohë në një promemorie drejtuar britanikëve në prillin e vitit 1945, kreu i Ballit Kombëtar, Mit’hat Frashëri, tashmë në mërgim, ofron fakte se pakti mes partizanëve dhe gjermanëve kishte funksionuar në të paktën 2 raste, në marsin dhe shtatorin e vitit 1994.