Guardiola është një mbështetës i njohur i fushatës për të shpallur Katalonjën shtet të pavarur dhe ai mori pjesë në një miting pro pavarësisë në Barcelonë në verë me presidentin e qeverisë katalane Carles Puigdemont, së bashku me dhjetëra mijëra demonstrues. Ai i tha turmës se do të votonte për pavarësinë më 1 tetor “edhe nëse shteti spanjoll nuk e dëshiron atë.” Megjithëse votimi nuk u njoh nga Madridi, policia spanjolle ka nisur hetimet ndaj figurave të profilit të lartë që tentuan të ndikojnë në opinionin publik.
Pep Guardiolas i është ngritur një akuzë nga Federata Angleze, pasi në ndeshjet e fundit ai ka bartë një fjongo të verdhë dhe sipas tyre, ajo përmban mesazh politik. “I pranoj gjobat. Unë jam një njeri para se të jem trajner. Në Kataluni janë katër burra në burg. Kjo fjongo do të jetë gjithnjë me mua. Nuk ka lidhje me politikanët, por me demokracinë”, ka thënë Guardiola. Ai e ka bartur këtë fjongo në disa ndeshje, ndërsa në finale ndaj Arsenalit shumë tifozë e kanë përkrahur.
Giuardiola ka vazhduar protestën edhe në fushën e futbollit pas arrestimeve të bëra nga policia spanjolle duke mbajtur një fjongo të verdhë në xhupin që ai vesh gjatë ndeshjeve. “Shpresoj që politikanët e burgosur të lirohen sa më shpejt dhe t’i bashkohen familjeve të tyre. Nëse i ka ndodhur atyre, mund të na ndodh edhe neve. Kjo se kanë dhënë një mëndim. Njerëzit nuk duhet të dyshojnë se kjo nuk i ndodh atyre, sepse realisht mundet. Nuk mund të injorojmë ata njëmbëdhjetë politikanë apo aktivistë, të cilët nuk e kanë lënduar askënd, por janë në burg se kanë kërkuar të drejtën e votës.
Shumë gjëra kanë ndodhur, kjo pasi dëshirojmë të votojmë, pasi dëshirojmë një referendum legjitim. Zgjidhja është se shteti dhe Katalunia duhet të pajtohen për një referendum, është aq e thjeshtë. Deri sa kjo të ndodh, do të ketë vetëm zgjidhje të vështira. Kërkuan të votojnë dhe janë në burg, është e frikshme që kemi shkuar deri në këtë pikë në shtetin e ligjit. Shpresoj që kjo të përmirësohet dhe të kemi zgjedhje demokratike me 21 dhjetor. Dhe kështu të krijojmë sa më shpejt institucionet dhe parlamentin katalunas”, ka thënë Guardiola.